地面车场设站台与列车到发线。地上二层为高架候车厅，是旅客进站层，北京南站环绕主站房和两侧雨篷建有环型高架桥，旅客可直接进入高架候车厅。地下一层为车站的换乘空间以及旅客出站系统，地下二层、三层分别是北京地铁4号线、北京地铁14号线。 北京南站国铁站台为岛式13台24线的地上站台。地铁4号线北京南站为岛式1台2线的地下站台。而在建的地铁14号线亦设北京南站。在规模上大大超过北京地区其他铁路枢纽，改建后的北京南站将成为京沪高速铁路等客运专线以及快速、高速列车、京津城际列车等多条重要新干线的的始发站。 北京南站不仅是目前中国最大车站，亦是全亚洲最大火车站，中国首座高标准现代化的客运专线大型客站。